Au-delà des maladies neuromusculaires, l'AFM est un acteur majeur de la recherche sur les maladies rares, véritables modèles pour le développement des thérapies innovantes.  C’est aussi une association atypique et unique en passe de produire et de tester ses propres médicaments. Son laboratoire Généthon est en train de construire, à Evry, le premier et le plus important laboratoire de production de médicaments de thérapie génique à l’échelle semi-industrielle au monde.

Au total, sur les essais qu'elle soutient (34), près de la moitié concerne des maladies rares, autres que neuromusculaires. Certaines de ces maladies rares comme les déficits immunitaires, les maladies de la rétine, de la peau ou du système nerveux central, parce qu'elles nécessitent une intervention localisée (moelle osseuse, rétine...), permettent de progresser plus rapidement sur les problématiques scientifiques (immunologie, vectorologie...), réglementaires ou de production... et d'obtenir des premiers résultats concrets démontrant l'efficacité des thérapies innovantes.

Si l’AFM ne soutient pas ces essais qui représentent des dizaines de millions d’euros, personne ne le fera. Car les maladies rares comme le développement des thérapies innovantes ne bénéficient que de peu d’investissement de l’industrie pharmaceutique et l’engagement des pouvoirs publics dans ce domaine reste insuffisant. Pour Laurence Tiennot-Herment, présidente de l’AFM « le développement clinique qui ne peut être uniquement porté par la générosité publique à travers le Téléthon. Les maladies rares comme les thérapies innovantes exigent des partenariats public/privé que le second plan Maladies Rares doit impérativement encourager. »

En parallèle, l'AFM s'est à nouveau associée à l'Agence nationale de la recherche (ANR) dans le cadre de deux appels à projets incluant la thématique des maladies rares.
Par ailleurs, elle demeure le principal financeur du GIS-Institut des Maladies Rares. La création de cet Institut marque, pour la première fois, la réunion, autour des maladies rares, des associations de malades, des ministères et des organismes publics dans un projet commun visant à stimuler, développer, coordonner et rationaliser la recherche sur les maladies rares. Le GIS-Institut des Maladies Rares mène des actions stratégiques : plateforme de séquençage à très haut débit, partenariat ERDITI avec les industriels pour le criblage de molécules à visée thérapeutique...
L'Association est également membre de la Fondation de coopération scientifique Imagine dont l'objectif est d'améliorer le diagnostic et le traitement des maladies génétiques en réunissant chercheurs, médecins et familles au sein de l'hôpital Necker à Paris.

Enfin, dans le cadre de l'élaboration d'un second Plan maladies rares, l'Association a vivement défendu la problématique du développement clinique des maladies rares.

Chiffres-clés :   
- 70 % de la recherche sur les maladies rares est financée par l’AFM grâce aux dons du Téléthon (source : Leem Recherche, Plaidoyer pour les sciences du vivant, novembre 2007)
- 34 essais  en cours ou à venir pour 30 maladies différentes. Chaque essai représente un investissement de plusieurs millions d’euros sur plusieurs années.
- 278 projets de recherche maladies rares ont été financés par le GIS-Institut des Maladies Rares depuis 2002 (et à partir de 2005 avec l’Agence Nationale de la Recherche) pour un montant de plus de 67 millions d’euros dont 16 millions apportés par l’AFM.