Augmenter la masse des connaissances et atteindre la taille critique indispensable au développement des thérapeutiques, telle est la stratégie de l’AFM pour guérir. L’AFM s’est donc attachée à développer des outils d’intérêt collectif. C’est dans le cadre de cette stratégie d’intérêt général qu’elle subventionne des programmes de recherche sur certaines maladies rares.

Cette liste ne prend pas en compte les maladies stockées dans la banque de cellules et d'ADN de Généthon, ni celles stockées dans la Banque de Tissus pour la Recherche de l'AFM, ni les maladies concernées par les appels d'offres du GIS Institut des Maladies Rare financé par l'AFM (liste mise à jour en 2004).