Son objectif principal étant de guérir les maladies neuromusculaires, l'AFM consacre la majorité des fonds des missions sociales à sa mission Guérir.

Au cours de l'exercice 2007, l'AFM a engagé 105 023 876 euros au titre de ses mission sociales définies par ses statuts dont 62,9% ont été consacrés à la mission Guérir (66 millions d'euros) (celle-ci inclut les dépenses engagées dans la recherche et le développement des thérapeutiques, Généthon, l'Institut de Myologie et le programme I-Stem).

>>> Sur les sommes engagées en 2007 pour la recherche et le développement des thérapeutiques :

- 2 225 655 euros se rapportent à des programmes de recherches internationaux :
* Université de Pennsylvanie (Etats-Unis) pour un programme concernant l'amyotrophie spinale.
* Université Laval (Canada) pour un programme préclinique d'évaluation chez une souris transgénique, modèle de la myotonie de Steinert, visant à corriger les anomalies musculaires et valider les techniques non invasives permettant l'évaluation des fonctions musculaires (projet Puymirat).
* Cellgène (société canadienne) pour un programme de développement clinique de la greffe de myoblastes pour la myopathie de Duchenne (programme Tremblay).

- 8 615 641 euros concernent les partenariats académiques par lesquels l'AFM soutient le développement de sites de compétences autour des génothérapies : pôle nantais d'infrastructures (mis en place depuis 1996 avec le soutien de l'AFM), Ecole nationale vétérinaire d'Alfort, Génopole d'Evry, partenariats pour les maladies rares (Institut des Maladies Rares et Fondation Imagine), plateforme de criblage de molécules sur des modèles de pathologie chez le ver parasite.

- 8 609 887 euros concernent des programmes industriels de recherche dans le cadre de conventions passées avec des entreprises de biotechnologie, notamment Transgène (essai sur les myopathies de Duchenne et Becker) et Trophos (maladies du motoneurone) et Prosensa (développement clinique du saut d'exon sur la myopathie de Duchenne par oligonucléotides) et un nouveau programme de recherche visant à appliquer la "chirurgie génomique".

- 11 699 837 euros concernent des subventions et aides aux études accordées dans le cadre d'appels d'offres initiés par l'AFM.

- 1 055 546 euros ont été attribués dans le cadre de partenariats avec des associations de malades pour soutenir leurs propres actions de recherche en recherche de thérapies génique et cellulaire

>>> Laboratoire Généthon

Les ressources totales de Généthon, qui incluent une réintégration des subventions d'équipement de subventions d'équipement versées au cours d'années antérieures, se sont élevées à 23 160 660 euros en 2007, dont 87,8% proviennent de l'AFM. les autres ressources sont constituées notamment de mise à disposition de personnel, d'équipements et de consommables (pour 1 254 719 euros) par le CNRS, l'Inserm et l'université d'Evry.

Les dépenses consacrées par l'AFM à Généthon en 2007 ont atteint 21 189 956 euros soit 20 715 000 euros de subvention auquel il convient d'ajouter essentiellement 474 956 euros de coûts immobiliers liés au laboratoire (entretien, impôt foncier, amortissements, etc.).

>>> Institut de Myologie

Centre d'expertise dédié au muscle, l'Institut de Myologie (Paris), associe différentes équipes expertes du muscle afin de faire progresser la recherche sur les maladies neuromusculaires, de favoriser le passage de la recherche aux thérapeutiques et d'améliorer le diagnostic, la prise en charge, le suivi de malades ainsi que la diffusion des connaissances en myologie.

Au titre de l'année 2007, l'AFM a alloué, à l'Institut de Myologie, une subvention de 7 138 000 euros composée d'une subvention de fonctionnement de 5 997 000 euros et d'une subvention d'investissement de 1 141 000 euros.

>>> I-Stem

Les ressources d'I-Stem sont constituées de subventions octroyées par l'AFM au CECS, par des financements publics (Génopole, l'Inserm, la région Ile-de-France, l'université d'Evry), par le financement de projets et la mise à disposition d'équipements notamment par Génopole.
En 2007, une subvention de 2 600 000 euros a été allouée par l'AFM à I-Stem. De plus, l'AFM a engagé des investissements pour plus de 780 000 euros, destinés aux travaux d'aménagement des nouveaux laboratoires et à l'acquisition d'équipements.