Son objectif principal étant de guérir les maladies neuromusculaires, l'AFM consacre la majorité des fonds des missions sociales à sa mission Guérir.

Au cours de l'exercice 2008, l'AFM a engagé 98 727 376 euros au titre de ses mission sociales définies par ses statuts dont 61,3% ont été consacrés à la mission Guérir (60,5 millions d'euros) (celle-ci inclut les dépenses engagées dans la recherche et le développement des thérapeutiques, Généthon, l'Institut de Myologie et le programme I-Stem).

>>> Sur les sommes engagées en 2008 pour la recherche et le développement des thérapeutiques :

- 974 054 euros se rapportent à des programmes de recherches internationaux :
* Université de Pennsylvanie (Etats-Unis) pour un programme concernant l'amyotrophie spinale.
* Université Laval (Canada) pour un programme préclinique d'évaluation chez une souris transgénique, modèle de la myotonie de Steinert, visant à corriger les anomalies musculaires et valider les techniques non invasives permettant l'évaluation des fonctions musculaires (projet Puymirat).
* Cellgène (société canadienne) pour un programme de développement clinique de la greffe de myoblastes pour la myopathie de Duchenne (programme Tremblay).

- 7 154 365 euros concernent les partenariats académiques par lesquels l'AFM soutient le développement de sites de compétences autour des génothérapies : pôle nantais d'infrastructures (mis en place depuis 1996 avec le soutien de l'AFM), Ecole nationale vétérinaire d'Alfort, la Génopole d'Evry, partenariats pour les maladies rares (Institut des Maladies Rares et Fondation Imagine), plateforme de criblage de molécules sur des modèles de pathologie chez le ver parasite.

- 3 314 738 euros concernent des programmes industriels de recherche dans le cadre de conventions passées avec des entreprises de biotechnologie, notamment Transgène (essai sur les myopathies de Duchenne et Becker) et Trophos (maladies du motoneurone).

- 10 228 000 euros concernent des subventions et aides aux études accordées dans le cadre d'appels d'offres initiés par l'AFM.

- 2 777 841 euros ont été attribués dans le cadre de partenariats avec des associations de malades pour soutenir leurs propres actions de recherche en recherche de thérapies génique et cellulaire.

>>> Laboratoire Généthon

Les dépenses consacrées par l'AFM à Généthon ont atteint 21 596 249 euros en 2008, soit 21 134 112 euros de subventions auxquelles s'ajoutent 462 137 euros de coûts immobiliers liés au laboratoire (entretien, impôt foncier, amortissement etc.).

>>> Institut de Myologie

Centre d'expertise dédié au muscle créé à l'initiative de l'AFM grâce aux dons du Téléthon, l'Institut de Myologie (Paris) associe différentes équipes expertes du muscle afin de faire progresser la recherche sur les maladies neuromusculaires, de favoriser le passage de la recherche aux thérapeutiques et d'améliorer le diagnostic, la prise en charge, le suivi de malades ainsi que la diffusion des connaissances en myologie.

Au titre de l'année 2008, l'AFM a alloué, à l'Institut de Myologie, une subvention de 7 195 000 euros composée d'une subvention de fonctionnement de 6 644 000 euros et d'une subvention d'investissement de 551 000 euros.

>>> I-Stem

Les ressources d'I-Stem sont constituées de subventions octroyées par l'AFM au CECS, par des financements publics (Génopole, l'Inserm, la région Ile-de-France, l'université d'Evry), par le financement de projets et la mise à disposition d'équipements notamment par Génopole.
En 2008, une subvention de 3 150 000 euros a été allouée par l'AFM à I-Stem.