Les appels d’offres ou les actions thématiques : l’AFM lance des appels d’offres sur certaines thématiques ; les chercheurs proposent un dossier qui est expertisé par le Conseil Scientifique, puis sélectionné par le Conseil d’Administration parmi les seuls dossiers ayant reçu un avis favorable du Conseil Scientifique. Exceptionnellement, il est possible de saisir l’Association en dehors des appels d’offres pour des sujets relevant d’une actualité scientifique novatrice et urgente sur un problème ciblé.
Au total, en 2007, l'AFM a soutenu près de 400 projets issus de 4 appels d'offres pour un budget de 11,7 millions d'euros.

La création de structures propres : dans des domaines et à des moments où aucun acteur public ou privé ne voulait intervenir, l’AFM a créé ses propres structures. Par exemple : Généthon (cartes du génome, vectorologie), l’Institut de Myologie (science et médecine du muscle), I-Stem (Institut des cellules souches).

Les partenariats industriels : au niveau de la phase clinique, l’intervention des biotechnologies et de l’industrie pharmaceutique s’avère indispensable. Pour parvenir plus vite aux médicaments, l’AFM engage des collaborations avec des industriels. Elle agit par prise de capital, par des avances remboursables ou par des investissements dans un programme de recherche bien précis, toujours dans une logique de bénéfice au malade.

Les partenariats publics : parce qu’elle a toujours été incitative de l’action publique, l’AFM initie et promeut des programmes en lien avec les partenaires institutionnels, tant au plan de la recherche que de la clinique. Aussi, elle engage l’action des pouvoirs publics vers la prise en compte des maladies neuromusculaires et plus généralement des maladies rares, en incitant à la formalisation d’accords-cadres, en participant à des programmes de recherche ou en exigeant la mise en œuvre d’une politique de prise en charge globale (appels d’offres communs AFM/Inserm, réseaux maladies neuromusculaires, consultations pluridisciplinaires…).

La politique de sites : pour favoriser les synergies entre les différents acteurs de la recherche, l’AFM peut investir pour le rassemblement sur un même site de ces acteurs et participer ainsi au développement de pôles d’excellence. C’est ce qu’elle a fait en participant à la création de Genopole®, le pôle national de recherche consacré au génome et à ses applications qui réunit à Evry de grands organismes de recherche publics, l’université et des sociétés de biotechnologies.

La valorisation de la recherche : l’AFM participe au financement d’un grand nombre de projets de recherche sur les maladies rares. Soucieuse du respect des intérêts des malades, et dans le but qu’aucun développement thérapeutique ne soit bloqué ou stoppé par un partenaire, elle veille, à l’occasion des conventions qui formalisent ces financements, à participer à la valorisation des recherches engagées, soit en qualité de co-déposant d’un brevet protégeant une découverte, soit en étant partie prenante à son exploitation.