Depuis 1981, il rassemble des scientifiques et médecins bénévoles, experts reconnus dans leur domaine. Son rôle est d'expertiser le contenu scientifique des projets proposés à l'AFM et de rendre un avis au Conseil d’Administration qui décide en dernier ressort. Il propose également des thèmes de reherche à explorer et évalue à priori et a posteriori la qualité scientifique des projets.
Il intervient notamment dans l'évaluation des projets dans le cadre des appels d'offres.
S'appuyant sur des expertises externes, il évalue les projets qui lui ont été adressés.
En 2006, l'AFM a mené un important travail de réorganisation de son Conseil scientifique, afin de renforcer son orientation vers le développement clinique.
> Liste des membres du 5ème Conseil scientifique de l'AFM.

Composé de conseillers indépendants et bénévoles, il conseille le Conseil d'Administration sur les modalités gestion financière de l’Association. Plus généralement, il veille à l’équilibre financier entre les ressources et les emplois en s’assurant, notamment, que ses engagements ne compromettent pas à terme cet équilibre.

Sa composition en 2007 :
- Eric Brossard, Directeur financier de l'Unédic
- Michel Dixmier, Président de sociétés
- Didier Genet, Gérant de société
- Pascal Housseaux, Commissaire aux comptes, expert comptable
- Philippe Peuch-Lestrade, associé d'Ernst&Young, responsable des activités associatives et bancaires
- Jean Picard, conseiller en gestion d'OPCVM Argenson Finances