- en 1988, elle reçoit le Prix Cristal de la transparence financière de la Compagnie Régionale des Commissaires aux Comptes de Paris ;

- en 1989, elle demande une mission d’assistance au développement à l’Inspection Générale des Affaires Sociales ;

- en 1996, la Cour des Comptes publie le résultat de son contrôle sur les comptes de 1993. Elle conclut que « le compte d’emploi des ressources collectées auprès du public correspond à la réalité de ses actions » et souligne « l’étendue et la variété des actions menées par l’AFM dans la poursuite de ses objectifs et le caractère novateur de nombre d’entre elles » ;

- en 2000, à la demande de l’AFM, le cabinet Arthur Andersen évalue la gestion de l’association pour les années 1999 et 2000. Il conclut que « la gestion de l’association ne s’éloigne pas dans son ensemble des standards généralement admis, qu’elle est transparente, désintéressée et que les dépenses qu’elle engage sont en adéquation avec ses missions. »
Lire les conclusions du cabinet Arthur Andersen rendues publiques l'issue de sa mission d'évaluation de la gestion de l'association pour les années 1999 et 2000.

- En 2001, l’AFM est la première association à s’engager dans une procédure de «certification de services», évaluée par un organisme de contrôle indépendant et à laquelle ont couramment recours les entreprises. Le Bureau Veritas Quality International ( devenu Bureau Veritas Certification en 2006) s’assurera de la conformité des procédures et de la gestion de l’AFM à partir d’un référentiel préalablement défini.

- En 2001 et 2002, la cour des comptes effectue une enquête portant sur les exercices 1994 à 2001. Il s'agit, comme cela avait été annoncé lors de leur précédent contrôle, d'un audit de suivi.

- En 2002 et 2003, BVQI a réalisé 3 visites de suivi du certificat obtenu pour la première fois en octobre 2001. Chaque visite de suivi permet de vérifier l'application un certain nombre de points du référentiel.

- En 2004, BVQI (devenu Bureau Veritas Certification en 2006) a réalisé un audit de renouvellement qui a permis à l'AFM de renouveler sa certification. Ce certificat aura fait l'objet de 3 visites de suivi de 2005 à 2007.

- En 2004, la Cour des Comptes rend public son rapport sur son contrôle effectué sur la période 1994-2001 et conclut : "Les missions que s'est assignées l'Association sont ambitieuses... et les résultats peuvent se mesurer notamment par l'allongement constaté de la durée de vie des malades atteints des formes les plus graves de myopathie et par les améliorations apportées au confort de vie des personnes concernées. La Cour des Comptes constate que l'emploi des fonds collectés auprès du public par l'AFM est globalement conforme à l'objet de l'appel à la générosité publique mais elle souligne, d'une part que les choix faits par l'association en matière de recherche doivent, dans l'intérêt même des malades et de leurs familles, se fonder sur des procédures d'évaluation et de suivi incontestables, d'autre part que les ratios publiés sur les emplois ne peuvent avoir de signification que si les règles de leur établissement sont constantes ou si, à défaut, leur mode d'établissement est explicité et les changements de méthodes signalés".
Lire le communiqué de presse de l'AFM qui fait suite au rapport de la Cour des Comptes. Toutes les réponses de l’AFM sont également détaillées dans la publication de la Cour des Comptes (http://www.ccomptes.fr).

- En mars 2008, l'audit de Bureau Veritas Certification a conclu au maintien de la certification de l'AFM. Le prochain rendez-vous aura lieu en février 2009 pour un audit de suivi d'une semaine : un rythme d'audit désormais annuel car l'AFM a fait la preuve de sa capacité à maintenir ses engagements par un système de contrôle en interne.