Le mode de scolarisation correspond au(x) type(s) d'établissement(s) dans le(s)quel(s) est scolarisé l'enfant. Il peut s'agir d'un établissement ordinaire, d'un établissement spécialisé ou,  parfois, l'enfant peut être scolarisé à temps partagé entre deux types d'établissements. Il est choisi pour répondre réellement aux besoins de l'enfant, en fonction de l'évaluation qui en a été faite.

Généralement, le mode de scolarisation choisi finalement pour l'enfant relève d'une décision de la CDAPH prise par rapport aux éléments fournis dans le Projet Personnalisé de Scolarisation (PPS). Les parents et l'enfant sont partie prenante dans cette décision puisque lors de l'évaluation des besoins de l'enfant préalable à l'élaboration du PPS, ils peuvent donner leur souhait de voir leur enfant scolarisé dans un établissement plutôt qu'un autre.

En cas de désaccord avec les décisions de la Commission des Droits et de l’Autonomie (CDAPH), un recours gracieux est possible. Il doit être adressé, par écrit, à la Maison Départementale des Personnes Handicapées (MDPH). Si le recours gracieux n'a pas abouti ou n'est pas recevable, le recours contentieux doit être déposé auprès du Tribunal du contentieux des incapacités (TCI). En cas d’insatisfaction quant à la décision du TCI, il peut être fait appel de cette décision devant la Cour nationale de l'incapacité.