Ce sont des classes d'intégration dans un établissement ordinaire accueillant tous les enfants.

Les CLIS (Classe d'Intégration Scolaire) sont à l'école primaire ; les UPI (Unité Pédagogique d'Intégration) au collège et au lycée.
Ces classes regroupent des enfants présentant le même type de déficience, en petits effectifs (12 élèves maximum). Elles proposent un enseignement adapté aux besoins des élèves, dans le contexte de l'école ordinaire. Ces classes ne sont pas astreintes à suivre le rythme des programmes scolaires officiels. L'enseignant est titulaire d'un certificat d'aptitude pour la scolarisation des élèves en situation de handicap (CAPA-SH pour le premier degré, 2CA-SH pour le second degré).

L'intégration en CLIS est généralement assortie d'un accompagnement par un service de soins à domicile (Sessad) ou par des professionnels de soins en libéral. En fonction de leur progression, les élèves en CLIS peuvent ensuite rejoindre l'enseignement ordinaire (des passerelles sont possibles) ou poursuivre leur scolarité dans une UPI (c'est la voie la plus fréquente), ou dans une Section d'Enseignement Général et Professionnel Adapté (SEGPA).

CLIS et UPI sont classées en quatre catégories selon le type de déficience :
- CLIS 1, UPI 1 : troubles des fonctions cognitives ;
- CLIS 2, UPI 2 : déficience auditive ;
- CLIS 3, UPI 3 : déficience visuelle ;
- CLIS 4, UPI 4 : déficience motrice.