Lorsque les pré-requis obligatoires (études précliniques) sont favorables et que le produit semble présenter un intérêt thérapeutique, la mise en place des essais thérapeutiques peut commencer.

 

Le promoteur prend l'initiative de l'essai, en assure la gestion, et vérifie que le financement de la recherche est prévu. Il assume toutes les responsabilités qui lui incombent de par la loi. Ce peut être une personne physique ou morale (industriel pharmaceutique, groupe hospitalier, organisme public de recherche, association)  qui prend la responsabilité de l'essai en souscrivant un contrat d'assurance en responsabilité civile.
Il est habituel que le promoteur prenne en charge les coûts de l'essai mais ce n'est pas obligatoire puisqu'un tiers peut financer l'essai sans se porter obligatoirement promoteur. Le protocole d'un essai peut être soumis à un organisme susceptible de financer l'étude par un contrat de recherche. C'est le cas des essais cliniques dans les maladies neuromusculaires qui sont financés par l'AFM.

 

Des comités d'experts sont constitués pour régler différents problèmes survenus lors du déroulement d'un essai :
- Le comité d'évaluation des événements critiques, chargé de l'analyse des circonstances de survenue des accidents graves ou mortels dans un essai.
- Le comité de sécurité, chargé d'analyser en permanence les risques de l'essai pour les participants. Il est constitué d'experts indépendants, non investigateurs de l'essai. Il peut avoir accès au code des traitements de l'essai et peut recommander au comité scientifique l'arrêt prématuré de l'essai dans trois cas :

- D'autres comités peuvent être créés selon les besoins particuliers de certains essais thérapeutiques.

 

Pour chaque essai, un protocole est rédigé par le promoteur en collaboration avec des experts dans le domaine étudié (comité directeur de l'essai ou comité scientifique). Le protocole précise les caractéristiques des différents acteurs de l'essai : le promoteur, les investigateurs et les personnes se prêtant à l'essai.

 

Le protocole est soumis à un comité d'experts : le CCP (Comité de Protection des Personnes et non plus CCPRP depuis texte de loi 2004). Le CCP étudie attentivement l'intérêt et les risques que présente le projet de recherche. Il vérifie que l'essai correspond aux normes de l'éthique, de la loi et de l'intérêt médical. Sa  mission est de vérifier la rigueur scientifique et la garantie de la sécurité offerte aux personnes impliquées. Ce Comité peut accepter ou rejeter le projet ou encore faire modifier certains points du projet.

 

Après avoir reçu un avis favorable du CCP, le dossier est déposé à l'AFSSAPS (Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé).
L'AFSSPS peut demander des informations complémentaires ou des modifications du protocole avant de donner l'autorisation. En cas d'objections de l'AFSSPS sur un protocole, le refus est communiqué au promoteur par lettre motivée. Le promoteur peut modifier le projet et le resoumettre une seule fois. L'autorisation sera refusée si le promoteur ne modifie pas son projet. L'AFSSAPS informe le CPP des modifications du protocole qu'elle a demandées.

 

La durée de ces procédures administratives peut parfois durer relativement longtemps. Une fois l'accord de ces deux instances obtenu, le promoteur réunit tous les médecins susceptibles d'avoir dans leurs consultations des patients répondant aux critères d'inclusion. Le protocole  est présenté à des médecins appelés « médecins investigateurs » qui ont généralement l'habitude de participer à des essais thérapeutiques. Ils sont en charge de la réalisation de l'essai. Ce sont eux qui en assurent la direction et la surveillance.  Lorsque le promoteur confie sa réalisation à plusieurs investigateurs, il désigne parmi eux un investigateur coordinateur chargé de centraliser tous les résultats.

 

Le choix des centres se fait à partir de plusieurs critères. Les centres doivent disposer des moyens humains, matériels et techniques adaptés à la recherche clinique et  permettant d'assurer la sécurité des personnes participant  à l'essai.
Pour que les résultats d'un essai soient valables, il est nécessaire qu'il porte sur un nombre suffisant de personnes, et donc, si l'on veut avoir des résultats assez rapides, il peut être nécessaire de grouper plusieurs équipes qui peuvent travailler dans divers types de structures hospitalières. Quand un essai est réalisé dans plusieurs centres en même temps (essai multicentrique), il y a le risque d'« effet-centre » si l'un des centres investigateurs diffère significativement des autres sur un des aspects de l'essai.
Les médecins investigateurs font une pré-sélection sur dossier des personnes éligibles pour l'essai. Un registre de patients éligibles est ainsi constitué à partir d'une liste de tous les patients connus des investigateurs et qui pourraient être inclus dans l'essai. Un des intérêts des registres est de pouvoir vérifier que les patients inclus dans l'essai sont bien représentatifs de la totalité des patients éligibles pour l'essai. Cette analyse va permettre d'identifier d'éventuels biais de sélection lors de l'inclusion des patients.

 

Le médecin investigateur convoque les participants potentiels pour les informer sur le déroulement de l'essai et des risques éventuels qu'il comporte. Il a le devoir de recueillir leur consentement éclairé, donné par écrit.