Selon l'âge de début de la maladie, on peut distinguer trois formes.
La forme infantile est la plus fréquente et la plus grave. Elle débute avant 3 mois. Elle se manifeste par une hypotonie : le nourrisson est tout mou et semble s'affaisser, il a des difficultés pour téter et avaler. Les muscles ne sont pas diminués de volume. Au contraire, on peut noter une pseudohypertrophie musculaire au niveau des mollets mais aussi de la langue. L'atteinte des muscles respiratoires se traduit par une insuffisance respiratoire. Le cœur est rapidement défaillant et habituellement très gros (cardiomégalie).
Des auteurs néerlandais ont signalé des cas fréquents de surdité dans cette forme. Dans les formes juvéniles, la maladie débute chez l’enfant plus grand. La perte de force musculaire est toujours présente. D'une façon générale, il n'y a pas d'atteinte cardiaque. Elle se manifeste par un retard à la marche (si l'âge du début est précoce), des difficultés de la marche et une atteinte des muscles respiratoires.

La forme adulte de la maladie survient au-delà de 20 ans (entre 20 et 70 ans), sans atteinte cardiaque. Elle se manifeste par une faiblesse musculaire lentement évolutive évoquant une myopathie des ceintures : atteinte du tronc et une atteinte plus importante des membres inférieurs par rapport aux membres supérieurs. Les muscles de la hanche (ceinture pelvienne), les muscles le long de la colonne vertébrale (paravertébraux) et le diaphragme sont les plus atteints. Parfois, le tableau clinique peut ressembler à celui d’un rigid spine. L’atteinte respiratoire est quasi-constante et peut être au premier plan, le déficit moteur étant plus discret. La maladie peut se manifester par une insuffisance respiratoire : somnolence dans la journée, maux de tête nocturnes ou lors du réveil, difficultés pour respirer lors de l'effort (dyspnée d'effort) ou en position allongée (orthopnée).

D’après une étude hollandaise (mars 2005) sur l'histoire naturelle de la maladie de Pompe à début tardif chez 54 patients hollandais (âge moyen au moment de l’étude 48,6 ans), les premiers symptômes se sont déclenchés à l'âge moyen de 28 ans et 58% des patients déclarent avoir ressenti des gênes musculaires modérées dès l'enfance. Les symptômes fréquemment rapportés  étaient la fatigue et la douleur.

Le diagnostic de la glycogénose de type II est basé sur la mise en évidence de l'absence ou du déficit de l'enzyme maltase acide. L'examen est pratiqué par prélèvement sanguin sur les globules blancs (leucocytes), dans les cultures de certaines cellules du tissu de soutien (fibroblastes) de la peau et par prélèvements de tissu musculaire et/ou de foie (biopsies musculaires et/ou hépatiques).
L'analyse de la biopsie musculaire montre une accumulation de glycogène (de structure normale) dans les vacuoles.
L'électromyogramme montre souvent des anomalies myogènes. L'électrocardiogramme et l'échographie révèlent des anomalies caractéristiques d'un gros cœur dans les formes infantiles.
Le diagnostic moléculaire réalisé à partir de l'ADN (après prélèvement de sang) est à réaliser à cause de l'existence d'une cinquantaine de mutations connues à ce jour. Il est cependant indispensable dans les formes atypiques et en cas de diagnostic prénatal.
Le diagnostic prénatal, proposé en début de grossesse (amniocentèse) aux mamans des familles où la maladie est déjà présente permet de dépister la forme infantile de la maladie. Il s'effectue sur des biopsies de placenta (trophoblastes) entre 11 et 13 semaines d'aménorrhée.

L'analyse de l'ADN pour détecter les porteurs sains de la glycogénose de type II a été proposée à partir de prélèvement sanguin (globules blancs) ou musculaire mais l'interprétation des résultats est complexe. L'analyse de l'ADN, basée sur la connaissance des mutations familiales permet de faire le diagnostic dans la majorité de cas.

Une méthode de mesure non traumatique de la quantité de glycogène par spectroscopie à résonance magnétique nucléaire (NMR) a été publiée en septembre 2003. Elle permet d'effectuer des mesures répétées du taux de glycogène en divers sites musculaires et de suivre le développement de la maladie, ainsi que d'étudier le rôle de l'accumulation du glycogène dans la maladie de Pompe.

L'évolution est variable selon les formes.
En général, dans la forme infantile, l'enfant ne peut pas tenir sa tête, n'a pas les activités motrices normales de son âge. Le volume du foie augmente progressivement. La progression du déficit moteur est rapide. L'atteinte du muscle cardiaque et des muscles respiratoires, l'accumulation de glycogène dans le cerveau et les muscles conduisent à une issue défavorable en quelques mois ou années.

Dans la forme juvénile, la maladie progresse plus lentement que dans la forme infantile. L'accumulation de glycogène dans les organes varie selon les cas. L'espérance de vie est plus longue.

Dans la forme adulte, la gravité de l'affection dépend de l'atteinte des muscles respiratoires. La maladie n'influence pas en général la durée de vie. La gravité de l'affection dépend plutôt de l'atteinte des muscles respiratoires. Les problèmes cardiaques et hépatiques sont absents.

Le Zoom sur la recherche dans la maladie de Pompe présente l'état actuel des connaissances scientifiques, mis à jour à l'occasion des Journées des Familles de l'AFM en juin 2009.