Le syndrome de Kennedy est très rare. Sa prévalence est de 1 garçon atteint sur 50 000 naissances mâles. On peut ainsi estimer entre 5 et 8 le nombre de nouveaux cas en France chaque année, et à 200 le nombre total de personnes atteintes vivant sur le territoire national. Cette fréquence est sans doute sous-estimée car la maladie est assez souvent mal ou tardivement diagnostiquée.
Le syndrome de Kennedy a été observé dans toutes les populations, avec vraisemblablement un pic de fréquence dans les populations japonaises et scandinaves (notamment sur la côte ouest de la Finlande). Dans les deux cas, un effet fondateur a été mis en cause.

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