Le syndrome de Kennedy n'est pas une maladie due à un microbe (bactéries ou virus) : il n'est pas contagieux. C'est une maladie génétique due à une modification de l'ADN.
Dans la maladie de Kennedy, l'ADN est muté au niveau du gène du récepteur aux hormones mâles. Lorsque le récepteur est défectueux, il s’accumule sous la forme de petits amas (inclusions) dans les cellules qui expriment le gène (organes sexuels mais aussi muscle, peau et motoneurones de la moelle épinière et du tronc cérébral). L'accumulation de ces inclusions serait toxique ; dans le noyau elles seraient responsables de la mort des motoneurones alors que les inclusions cytoplasmiques expliqueraient notamment les manifestations endocriniennes de la maladie.

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