C’est de la prise en charge respiratoire que dépend le pronostic vital à long terme. Elle peut s’avérer nécessaire dès la naissance, chez un nouveau-né ayant besoin d'une ventilation assistée au moins transitoirement, ou plus tardivement lors de la dégradation des paramètres respiratoires.
La kinésithérapie respiratoire et la pratique d’insufflations passives (par des appareils de type Onyx® ou Alpha-200®) sont indispensables pour bien modeler le thorax et favoriser la multiplication et la croissance des alvéoles pulmonaires.
Le recours à la ventilation assistée est pratiquement toujours indispensable dans les formes sévères. La tendance actuelle est à favoriser la ventilation non invasive (par masque nasal, ou bucco-facial chez le tout-petit). Celle-ci est parfois difficile à réaliser (du fait de la béance de la bouche entraînant des fuites importantes) ou contre-indiquée (s'il y a des troubles majeurs de la déglutition). La mise en place d'une trachéotomie n’est donc pas rare. Elle permet une meilleure sécurité notamment lors des périodes d’encombrement bronchique et peut n’être utilisée que pour la nuit, compte tenu des besoins ventilatoires propres à chaque patient.
Les vaccinations (anti-grippale, anti-pneumococcique) sont toujours utiles et ce dès le plus jeune âge pour prévenir une infection pulmonaire.

Les bilans respiratoires sont réalisés de manière régulière en consultation multidisciplinaire : on mesure notamment la capacité vitale, les pressions respiratoires (pression inspiratoire maximale, pression expiratoire maximale) et le cas échéant les gaz du sang (on évalue les taux d’oxygène et de gaz carbonique dans le sang capillaire ou artériel).
En complément, on recherchera systématiquement par des enregistrements nocturnes l’existence d’une hypoventilation alvéolaire (la respiration devient insuffisante pour rejeter le gaz carbonique et des désaturations en oxygène se produisent). Ces enregistrements nocturnes vont du plus simple (enregistrement de la seule saturation en oxygène à l’aide d’un simple capteur placé sur le bout d’un doigt) au plus compliqué (un enregistrement dit polysomnographique qui permet d’évaluer à l’aide de sondes et capteurs multiples plusieurs paramètres respiratoires, cardiaques et autres).