Un essai clinique consiste à étudier selon un protocole précis les effets d'une molécule chez l'homme, qu'il s'agisse de volontaires malades ou sains. Le but des essais est d'établir la sécurité d'emploi et l'efficacité d'une substance. Le développement de nouveaux médicaments se fait en trois phases principales.
Dans les maladies rares, le nombre de patients inclus dans les différentes phases est réduit du fait de la rareté des maladies.
Un médicament déjà commercialisé dans une indication donnée peut obtenir une extension d'Autorisation de Mise sur le Marché (AMM) pour une autre pathologie uniquement sur la base d'essais de phase II et III. Dans les maladies rares, les équipes scientifiques et médicales académiques prennent souvent l'initiative d'évaluer l'intérêt potentiel de médicaments existants.

Mise à jour de l'infographie (octobre 2004) : Le protocole/Procédures administratives
La Directive européenne relative aux essais cliniques, adoptée en 2001, devait être transposée dans les Etats membres au plus tard au 1er mai 2003, pour une application le 1er mai 2004.
En France, les textes nécessaires ont été intégrés dans la loi de Santé publique promulguée le 9 août 2004 et publiée dans le Journal Officiel du 11 août 2004.
Les grands axes sont les suivants : remplacement d’un régime déclaratif par un régime d’autorisation, adaptation des conditions des personnes vulnérables, mise en place d’une base de données dont une partie sera intégrée à une base européenne…
L’Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps) joue un rôle accru pendant toute la durée de l’essai : elle donne désormais une autorisation d’essai clinique (AEC) dans un délai maximum de 60 jours basée, entre autre, sur l'étude du dossier du médicament expérimental (DME).
Le dossier de demande d'AEC comprend, en effet, trois parties :
- un dossier administratif
- un dossier de l'essai clinique (qui comprend le protocole de l'essai)
- un dossier technique relatif aux produits utilisés dans l'essai qui comprend le DME, le dossier des autres produits (par exemple le placebo).
L'AFSSAPS délivre une autorisation de l'essai clinique après évaluation des données disponibles sur les produits utilisés et du protocole envisagé.
Au cours de l’essai, l’Agence donne également l’autorisation d’amendement et à la fin de l’essai elle reçoit les résultats.
Les Comités Consultatifs de Protection des Personnes se prêtant à des Recherches Biomédicales (CCPPRB) deviennent des Comités de Protection des Personnes (CPP). Le Comité n'a plus un avis consultatif mais délibératif et il est intégré pour une durée déterminée avec une compétence territoriale. Son avis doit être obligatoirement favorable pour qu’une recherche puisse débuter.