L’AFM participe financièrement à l’organisation de congrès et de colloques. Un membre du Conseil scientifique est spécifiquement désigné pour émettre un avis sur toutes les demandes de financement. Tous les dossiers étudiés sont ensuite soumis au Conseil d’administration qui tranche en dernier lieu.

C'est, par exemple, pour favoriser l'émergence de projets et de réseaux que l'AFM a organisé, en 2006, un colloque sur les dystrophies musculaires des ceintures. Plus de 200 spécialistes internationaux ont ainsi pu partager leurs connaissances dans les domaines des fonctions moléculaires, de la physiopathologie et des modèles animaux, des diagnostics clinique et génétique, et des stratégies thérapeutiques.