En 2000, le Pr Alain Fischer et le Dr Marina Cavazanna-Calvo (Inserm, Hôpital Necker-Enfants Malades) annoncent que des bébés sans défenses immunitaires sont sortis, grâce à une thérapie génique, de leur bulle stérile pour mener une vie normale.
En 2002, une complication est survenue chez deux des onze enfants traités. Par prudence, l’essai a été interrompu pour comprendre ce qui s’est passé et en tenir compte dans l’évolution des stratégies de thérapie génique. Le 9 juin 2004, l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé (Afssaps) annonce la reprise de l'essai : les essais menées par les chercheurs sur cette complication survenue chez deux enfants traités montrent que le rapport bénéfice/risque demeure globalement positif pour les malades.
Le 24 janvier 2005, un 3ème cas de complication est signalé par l'Afssaps. En attendant les résultats de l’analyse de cette complication, les autorités sanitaires françaises ont décidé de suspendre l’essai.
Dans le 3ème cas, comme dans les deux précédents, il s'agit d'une prolifération incontrôlée de lymphocytes T. Les investigations sont en cours pour identifier l'origine de cette prolifération et définir si l'insertion du vecteur rétroviral dans le génome est en cause comme dans les deux premiers cas (lire le communiqué de presse de l'AFM du 17/10/2003).
Cependant, pour l'AFM, cette nouvelle complication confirme d'ores et déjà qu'il faut poursuivre le travail pour :
-améliorer les vecteurs utilisés
-mettre au point de nouveaux vecteurs plus efficaces comme les lentivirus qui sont aujourd'hui proposés pour transporter le gène-médicament dans les cellules souches hématopoïétiques
-mieux comprendre et maîtriser le système immunitaire
-développer de nouvelles techniques de thérapie égnique comme le saut d'exon
-mettre en place les essais sur l'Homme qui, dans les conditions de sécurité prévues par les autorités sanitaires, peuvent permettre d'identifier les problèmes à surmonter.
Par ailleurs, une équipe italo-israélienne a obtenu, en 2002, un nouveau succès sur deux enfants atteints d'un autre déficit immunitaire. L'AFM a participé à ses travaux en soutenant l'équipe italienne impliquée dans cet essais.

Premier essai de faisabilité également pour les maladies neuromusculaires. Le premier essai de thérapie génique pour les myopathies de Duchenne et de Becker, débuté en 2000 à l'Institut de Myologie, s'est terminé en 2002. Si aucun bénéfice direct n'en est attendu, cet essai s'est néanmoins révélé exemplaire dans la mise en place des protocoles et le respect des normes de sécurité. Annoncés en 2003, les résultats de cet essai présentés lors du Congrès de l'American Society of Gene Therapy, mené en collaboration avec la société Transgène, permettent de démontrer la faisabilité de la technique. Ils montrent pour la première fois qu'il est possible d'obtenir chez un malade atteint d'une myopathie de Duchenne ou Becker, une expression locale de la dystrophine, sans réaction immunitaire. Plus précisément :
- présence du plasmide-dystrophine chez tous les patients
- expression de la dystrophine en quantité faible chez 6 patients
- absence de réaction immunitaire contre le plasmide ou contre la dystrophine
- excellente tolérance clinique à l'administration du plasmide.
Il doit être poursuivi afin d'augmenter le niveau d'expression de la protéine et d'étendre les territoires musculaires ciblés.