Les avancées récentes des connaissances en biologie moléculaire ont fait tomber le dogme, qui, jusque-là, prévalait : un gène, une protéine, une maladie.
Il faut aujourd’hui  considérer la cellule dans son ensemble avec toutes les entités qui y opèrent. En effet, les protéines s’avèrent capables d’influer sur l’ADN ou d’interagir entre elles, les ARN peuvent en perturber d’autres ou être sensibles à différents signaux… autant de phénomènes à étudier pour mieux comprendre le fonctionnement de la cellule et dégager de nouvelles pistes thérapeutiques. C’est l’une des priorités que s’est fixée l’AFM en 2005.

Elle a ainsi financé 10 projets de recherche dans le cadre d’un appel d’offres spécifique  « Interactions protéiques dans la physiopathologie neuromusculaire ». L’un deux concerne un programme ambitieux lancé par Généthon en collaboration avec la société Hybrigenics : établir une véritable cartographie des protéines de la cellule musculaire et de leurs interactions.
Dans le même domaine, le programme Décrypthon donne lieu à des appels d’offres communs AFM-CNRS-IBM.