L'AFM détermine ses stratégies et les met en oeuvre en collaboration avec plus de 400 partenaires publics et privés, français et étrangers pour avancer vers la guérison et la réduction du handicap. L'Association a notamment développé des structures qu'elle continue à soutenir en participant à l'élaboration de leur stratégie.

Ils sont trois, et forment les bras armés de l'AFM dans son combat contre les maladies neuromusculaires : le laboratoire Généthon, l'Institut de Myologie et I-Stem.